安徽医科大学第二附属医院药学部集药学服务、科研、教学和管理为一体的平台科室，负责药品的供应、调剂、合理用药及信息咨询等工作。药学部下设有质量控制小组、静脉用药调配中心、住院药房、门诊药房、急诊药房、药库、临床药学室、药学信息室等多个部门。负责全院的药品供应，处方审核与调剂，合理用药监控与管理，药学信息服务，药品质量管理以及覆盖全院的静脉药物集中配置。部门以“促进合理用药、保障用药安全”为核心，开展药学服务工作，科室不断持续改进药学服务质量，优化药品采购、储藏、调剂、使用和评价的全流程管理体系，多角度、多层次提升合理用药水平。
调剂工作：
药学部致力于智慧化药房建设，门诊药房通过引进智能化调配设备，优化HIS取药流程，真正实现了“药等人”。患者只需刷就诊卡完成缴费即可到指定窗口取药，缩短了等候时间，改善了就医体验。引进合理用药审核系统，实现所有处方前置审核，辅助药师开展处方/医嘱点评，对重点药物进行动态监测，同时为临床医护人员提供“知识库”查询功能（如药品说明书、药品相互作用、注射剂配伍禁忌、FDA妊娠药品分级、检验值查询、医学公式查询等）。
药学部下设静脉用药集中调配中心（Pharmacy Intravenous Admixture Service, 简称 PIVAS）符合我国《静脉用药集中调配质量管理规范》和相关国际标准，在依据药物特性设计的操作环境下，由受过培训的药学人员严格按照操作程序，进行包括普通药物、肠外营养药物、 抗生素类药物、肿瘤细胞毒药物和其它静脉用药的调配。目前服务覆盖临床38个科室共计78个病区，为临床治疗和合理用药提供服务。调配静脉滴注、皮下（化疗）、静推（化疗）、肌注（化疗）、CRRT等的长期和临时医嘱。同时引入配药机器人与智能配药泵等智能化设备助力智慧药学，推动药学服务全面提升。
临床工作：
我院为国家卫健委临床药师培训基地，为临床科室配备了7名专职临床药师，全面参与临床药物治疗，重点服务于呼吸科、心血管内科、ICU、内分泌科、胃肠外科、儿科以及肿瘤科临床科室。
临床药师参与临床药师制建设、药品安全性监测、抗菌药物临床应用监测、抗肿瘤、重点监控药品、药学信息技术等药事管理工作；日常查房、病例讨论和会诊，与医生共同讨论治疗方案，对药物治疗方案提出合理化建议，参与多学科会诊（MDT）、疑难重症会诊和危重患者的救治等临床工作，为医生护士提供药物咨询、对患者进行用药教育、参与义诊、公众科普宣教等。同时临床药师还承担不良反应监测、处方点评等工作。
2019年3月开设药物治疗管理门诊，2019年12月创新互联网+药学服务，启动智慧药学建设，开展线上互联网医院平台“用药咨询”服务，同时推出智能用药提醒、慢病管理等。2020年7月开设呼吸与危重症医学（PCCM）咳喘药学服务特色门诊。通过线下线上药学服务联动帮助患者分析、评估药物治疗方案，优化药物治疗效果，预防和处理药品不良反应，提高公众合理用药的意识和水平。