内分泌科是安徽医科大学第二附属医院的特色专科，目前设有三个病区，床位125张，下设糖尿病宣教室、糖尿病专科护士工作室、骨密度室及糖尿病慢性并发症筛查室等。科室现有医生22人，均为硕士以上学历，其中博士2人，博士生导师1名，硕士研究生导师2名，高级职称10人，中级职称5人，初级职称7人；科研助理1人，博士；技师1人。护理人员31人，其中主管护师19人，护师8人，护士4人，其中包括糖尿病专科护士2人，中国糖尿病教育者1人 。
内分泌科诊疗范围包括糖尿病及甲状腺疾病，以及下丘脑、垂体、肾上腺、性腺疾病，骨质疏松症、痛风、绝经期障碍等，以及高血糖危象、甲状腺危象、垂体危象、肾上腺危象等内分泌危急重症和其他少见疑难病症。科室目前拥有Minimed胰岛素泵及动态血糖监测系统、双能X线骨密度仪、免散瞳眼底照相仪、ABI检测仪、数字震动阈值检测仪等先进诊疗仪器和设备。特色诊疗项目包括胰岛素泵强化治疗，动态血糖监测，超声引导下甲状腺微小结节细针穿刺细胞学检查、甲状腺良性结节无水乙醇注射治疗以及甲状腺良性结节微波/射频消融治疗等，并联合普外科开展胃转流手术治疗肥胖2型糖尿病。以上特色诊疗项目均处于省内领先水平，并是安徽省唯一的“胰岛素泵规范化培训基地”。